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Jenova è arrivata da un pianeta sconosciuto circa 2000 anni prima degli eventi di Final Fantasy VII. Il suo arrivo ha creato un enorme cratere nella parte settentrionale del mondo del gioco e ha scatenato una maledizione contro gli antichi (o Cetra), che vengono trasformati in mostri. Finisce comunque per avere la peggio e rimane bloccata dentro il cratere dopo numerose battaglie.
Purtroppo sarà ritrovata dalla malvagia Shinra (un'azienda che vuole prosciugare l'energia magica del pianeta), che la userà per i suoi terribili esperimenti. Il risultato di uno di questi test non è altro che Sephiroth, che proviene direttamente dalle sue cellule portatrici di follia omicida. Ne sa qualcosa Cloud, il protagonista del gioco impegnato a fronteggiare un nemico formidabile, entrato di diritto nella storia come uno dei personaggi più crudeli e potenti dei videogiochi.