MGS3: Snake Eater è saldamente ancorato al contesto della guerra fredda, ma si prende qualche libertà mettendo il personaggio immaginario chiamato Nikolai Stephanovic Sokolov al centro della storia. Questo professore d'ingegneria è responsabile della creazione del Shagohod, un carro armato potentissimo capace di lanciare missili nucleari a lungo raggio. Inorridito dalla sua stessa creazione, Sokolov fuggì negli Stati Uniti senza terminare il progetto, ma a causa delle tensioni fra USA e Unione Sovietica sarà costretto a tornare in Russia e a rimettersi al lavoro.
Qui entra in gioco Naked Snake, un discepolo di The Boss e maestro dell'arte della sopravvivenza. La sua missione consiste nel recuperare Sokolov e di porre fine alla minaccia del Shagohod. Un capitolo imperdibile della saga di Metal Gear Solid, che svelerà numerosi retroscena di tutti i giochi della serie.