Nathan Drake è stato soprannominato, non a caso, l'Indiana Jones dei videogiochi. È risaputo che Naughty Dog abbia preso ispirazione dall'iconico eroe cinematografico e anche in Uncharted 4 sono presenti alcune citazioni. Nel capitolo 8, in Scozia, c'è una sezione puzzle in cui dobbiamo ispezionare delle tombe alla ricerca di quella del pirata Henry Avery, con sopra scritte le date riportate nell'annotazione sul diario di Drake.
Ispezionando una di queste tombe, Nate (in lingua inglese) dirà "Bad dates", un riferimento alla famosa frase pronunciata in Indiana Jones e i Predatori dell'Arca Perduta. Mentre nel film la parola "dates" si riferisce ai datteri, nel gioco fa invece riferimento alla date sbagliate riportate sulle tombe. Viene pronunciata poi la frase ancora più celebre di Indy "Ho un brutto presentimento" (I have a bad feeling about this).
Infine, c'è una transizione in una scena di intermezzo del gioco in cui il primo piano del volto di un giovanissimo Nathan Drake passa all'inquadratura della faccia da adulto, dopodiché un sorriso precede un pugno sulla faccia del protagonista. Questa scena è davvero molto simile a quella vista in Indiana Jones e l'Ultima Crociata, quando si conosce come Indy ha ricevuto il suo cappello.