In questo caso non parliamo di un solo assassino, ma di una vera e propria moltitudine. Il commando Black Ops (che non ha niente a che fare con l'omonimo Call of Duty) è una banda di assassini professionisti e vestiti di nero, con il compito di ripulire il centro di ricerca Black Mesa senza lasciare alcuna tracce "dell'incidente" causato da Gordon Freeman in Half-Life.
Questi agili e veloci killer sono capaci di maneggiare armi molto diverse e vi causeranno tanti problemi. Ma proprio tanti.