L'evoluzione delle console da gioco alla fine degli anni ottanta si dimostrò un movente più che valido per spingere Keiji Infaune a rinnovare la serie di Mega Man cercando di svecchiarne il gameplay e costruendoci attorno un universo dalle atmosfere più cupe e intrise di una maggiore serietà. Il primo passo fatto dal game designer in quella direzione si risolse in una serie di bozzetti preliminari raffiguranti delle nuove versioni del Blue Bomber, dallo stile grafico più adulto e aggressivo. Durante il processo creativo, però, Infaune si accorse di essere uscito troppo dall'iconografia originale della serie originale e decise di convogliare tutti gli elementi di design di quei bozzetti preliminari in un personaggio totalmente inedito. Nacque così Zero, celebre comprimario della versione X del Blue Bomber divenuto in seguito un icona alla pari di Mega Man nell'immaginario collettivo dei videogiocatori.
Deciso a lasciare parzialmente invariato il design originale di Mega Man, Keiji Infaune inzia a realizzare un universo mosso da tematiche che vadano a contestualizzare le modifiche estetiche apportate al Blue Bomber. Nel 21XX un archeologo umano, il dott. Cain, scopre le rovine del laboratorio di robot del Dr. Thomas Light e rinviene una capsula contenente un robot altamente avanzato, dotato di intelligenza, emozioni umane e libero arbitrio: Mega Man X. L'ultima creazione realizzata dal celebre dottore prima della sua dipartita, spinge l'archeologo a realizzare degli androidi dalla struttura analoga a quella di X in grado di aiutare il genere umano nello svolgimento delle mansioni più complesse. A un anno dall'inserimento nella società dei Reploidi (il nome utilizzato per identificare questi robot senzienti) alcuni di loro cominciano a ragionare in maniera indipendente, andando fuori controllo e ribellandosi al genere umano. La minaccia sempre più estesa dei Maverick (appellativo coniato per i Reploidi fuori controllo) porta all'istituzione di un corpo scelto di androidi dedicato alla difesa del genere umano dalla nuova minaccia artificiale nel quale X entrerà solo in seguito mosso dal rimorso di sentirsi il fulcro della nascita dei Maverick.
Sigma, villain di ispirazione Marvelliana, è stato caratterizato prendendo come esempio il temibile Ultron dei fumetti Marvel. I punti in comune, e le similutidini caratteriali, fra i due antagonisti sono molteplici al punto che il recente Marvel Vs. Capcom Infinite li ha visti finalmente fare "fronte comune" contro gli eroi dei due universi chiamati in causa dal celebre crossover.
Seppur Sigma, antagonista ricorrente negli otto capitoli della serie, ricopra un ruolo analogo a quello del Dr. Wily, la stratificazione dell'arco narrativo attuato con Mega Man X è stato in grado di generare un seguito di fan notevole, dando vita a una serie di opere multimediali parallele che andarono a consacrare Zero e X nell'iconografia videoludica. La perfetta caratterizzazione del comprimario principale di Mega Man, quello Zero nato dai bozzetti originali per il restyle del Blue Bomber, rispecchiava perfettamente la figura del classico co-protagonista dal carattere rude ma allo stesso tempo predominante tanto tipico nei Manga Shonen (un esempio pratico, per chiarificarvi la tipologia di personaggio, può essere il celebre Vegeta, storico co-protagonista di Dragon Ball), riuscendo a entrare immediatamente nel cuore dei giocatori nella stessa maniera del Blue Bomber. Un'ulteriore attenzione nella caratterizzazione degli ex Maverick Hunter (che prendono il posto dei precedenti Robot Master) si è rivelata, infine, una scelta ottimale per offrire una schiera di antagonisti con motivazioni sensate per decidere di ribellarsi al genere umano. Seppur Keiji Infaune non abbia seguito lo sviluppo di tutti i capitoli della serie X di Mega Man (si fermò dopo il quarto capitolo per dedicarsi allo sviluppo di altre IP e seguire alcuni cross-over dedicati al Blue Bomber) l'arco narrativo dei primi sei capitoli di Mega Man X è frutto dei concept originali realizzati nei primi anni degli anni novanta, il suo nome infatti apparirà nei ringraziamenti speciali del quinto e sesto capitolo della saga.
Ma non fu solo un'arco narrativo maggiormente stratificato, e l'inserimento di nuovi personaggi ottimamente caratterizzati, a rendere celebre la saga di Mega Man X. Le modifiche attuate al gameplay da parte di Inafune, infatti, diedero la giusta stratificazione a delle meccaniche di gioco che dopo i primi sei capitoli su Nintendo Entertainment System, cominciavano a risultare ridondanti. Un move-set esteso, che vedeva l'aggiunta di schivate, possibilità di saltare sui muri e diverse tipologie di attacchi disponibili con il canonico Buster si mescolò a un level design migliorato sotto ogni aspetto che vedeva i livelli mutare in base alla progressione effettuata dal giocatore, fino a quel momento, e un'ulteriore stratificazione atta a nascondere power-up atti a migliorare le caratteristiche dell'armatura di Mega Man. Queste importanti modifiche alla struttura di gioco (nate in circostanze particolari, come vedremo nel successivo paragrafo) riuscirono nell'impresa di rendere maggiormente dinamici i titoli dedicati a Mega Man, allontanandosi dalle limitazioni del passato, allineandosi alle produzioni dell'epoca e contaminando parzialmente il gameplay della serie originale, il tutto restando fedeli a delle meccaniche di gioco divenute oramai un marchio di fabbrica del brand.
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Del primo Mega Man X fu sviluppato, nel 2005, un remake per PSP chiamato Mega Man Maverick Hunter X. Il successo di vendite ottenuto da questa riedizione, convinse Capcom a sviluppare nel 2006, sempre su Playstation portable, un remake anche del primo, storico Mega Man.