Con l'avvento di Microsoft Lionhead vive momenti di alti e bassi, episodi di cattiva gestione ed una graduale perdita di identità, che porterà infine alla definitiva chiusura della produzione e della società.
Il primo periodo in casa Microsoft, durante il quale la software house rimane comunque autonoma nella gestione interna, vede lo sviluppo di Fable II e Fable III. Entrambi i giochi si rivelano buoni titoli sotto quasi tutti i punti di vista.
Fable II è un vero best-seller, con 3,5 milioni di copie vendute in due anni e un'ottima accoglienza da parte della stampa specializzata. Il gioco mostra una Albion in evoluzione, assieme a un gameplay e un approccio più maturo e profondo.
Fable III forse non ripete qualitativamente le gesta del predecessore, ma rimane anch'esso sulla cresta dell'onda, macchiando il proprio "curriculum" solo a causa di numerosi bug e problemi tecnici mai risolti da patch di sorta.
Senza ombra di dubbio questo fortunato periodo, dal 2006 al 2010, si pone come apice della notorietà mondiale del brand Lionhead, aiutando di molto anche la console di casa Microsoft ad inserirsi nel difficile mercato videoludico.
Ai risultati commerciali positivi corrispondono però episodi evidenti di cattiva gestione e di incomprensione tra sviluppatori e produttori. Con Fable: The Journey e Fable Heroes inizia ufficialmente il declino di Lionhead.