Piuttosto che focalizzarsi sulla gestione di un team intero, MLB.com Franchise MVP si concentra sulla carriera di un singolo giocatore. Si parte come rookie di un team dell'MLB, ma poi sta a voi scalare le posizioni della classifica. Prendete posto in campo come battitori, lanciatori o come ricevitori in una variegata serie di minigiochi, guadagnando soldi in-game in base alle prestazioni. Fuori dal campo, è possibile acquistare le attrezzature e le strutture di formazione per migliorare le statistiche e allenarsi in modo efficace.