MKVToolnix può estrarre tracce specifiche dal contenitore e creare file MKV a partire da video e audio. L'approccio al flusso di lavoro è semplice, e MKVToolnix può anche dividere i video oltre che mostrarne i contenuti senza modificarli.
Questo programma mostra debolezze simili a quelle di Avidemux, e se si vogliono unire video insieme lo si potrà fare solo se hanno le stesse dimensioni e la stessa qualità di codifica.