La rapida diffusione della variante Delta, altamente contagiosa, rende più urgente la necessità di identificare le mutazioni di Covid-19. Insieme agli Stati e alle comunità mediche per vincere questa sfida, l'Università di Oxford e il Global Pathogen Analysis System (GPAS) di Oracle sono già a disposizione delle organizzazioni in quasi tutti i continenti.
Tra le istituzioni che utilizzano la piattaforma ci sono già il Centro di ricerca dell'Università di Montreal, l'Istituto di ricerca sulla salute pubblica del Cile, l'Unità di ricerca clinica dell'Università di Oxford in Vietnam, l'Istituto di patologia clinica e ricerca medica del Nuovo Galles del Sud, e la Oxford Nanopore Technologies. Il GPAS fa anche parte della nuova piattaforma di valutazione delle varianti creata dal Servizio Sanitario nazionale inglese.
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Sviluppato utilizzando la Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) di Oxford, Oracle APEX e Oracle Cloud Infrastructure (OCI), il Global Pathogen Analysis System è una piattaforma cloud che fornisce un sistema unificato e standardizzato per analizzare e confrontare i dati di sequenza genomica della SARS-CoV-2.
I ricercatori stanno usando il sistema per caricare i dati dell’agente patogeno e ricevere risultati completi in pochi minuti. Con il permesso dell'utente, i risultati possono essere condivisi con i laboratori partecipanti al programma in tutto il mondo, in un ambiente sicuro.
Rendere questi dati comprensibili e condivisibili aiuterà le autorità sanitarie pubbliche a valutare e pianificare la loro risposta, dando loro una visione preziosa delle varianti emergenti anche prima che siano ufficialmente designate come varianti potenzialmente pericolose.
«GPAS è il primo servizio basato su standard di settore in tutto il mondo, e offre l’analisi standardizzata dei dati di sequenza per gli utenti in cloud» ha detto Derrick Crook, professore di microbiologia del Dipartimento di Medicina Nuffield dell'Università di Oxford.
«Gli utenti saranno in grado di accedere, caricare ed elaborare i loro dati di sequenza completamente sotto il loro totale controllo e ricevere i dati completamente analizzati in appena 20 minuti dal caricamento andato a buon fine».
«Se scelgono di condividere i dati, contribuiranno alla dashboard dei dati globali che rivelano i cambiamenti quotidiani nel modo in cui la pandemia sta progredendo e come il virus sta cambiando. Questo permetterà una valutazione continua dell’andamento pandemico e aiuterà a guidare gli interventi nazionali e globali per contenere l'impatto del virus».
«Quella contro il Covid-19 è una battaglia globale, eppure ai ricercatori è mancata l'infrastruttura tecnica per elaborare le sequenze grezze in modo rapido e sicuro e per condividere questi risultati in tutto il mondo» ha spiegato il Chairman e CTO di Oracle, Larry Ellison.
«Con GPAS, stiamo portando la potenza e la sicurezza del nostro cloud a qualsiasi ricercatore, in qualsiasi luogo per dargli modo di contribuire alla soluzione. Più dati forniscono le istituzioni mediche, gli Stati e gli accademici, più rapidamente possiamo capire e agire per anticipare il coronavirus»
Utilizzando la piattaforma, i ricercatori e gli Stati saranno infatti in grado di accedere rapidamente ai dati tempestivi e rilevanti di cui hanno bisogno per fare analisi scientifiche aggiornate e prendere decisioni di politica e sicurezza meglio informate riguardo alle nuove varianti.
Nel quadro della loro collaborazione con il Global Health Security Consortium (GHSC), inoltre, il “Lawrence J. Ellison Institute for Transformative Medicine” (“Ellison Institute”) e il “Tony Blair Institute (TBI) for Global Change” hanno lavorato in coordinamento con Oxford e Oracle per sostenere lo sviluppo della piattaforma e per metterla a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo.
«La totale impreparazione del nostro mondo per la pandemia di COVID-19 ha evidenziato la necessità di lavorare in modo diverso per identificare soluzioni che siano pragmatiche e in grado di scalare di fronte alle sfide» ha confermato il dottor David B. Agus, membro del GHSC e CEO dell’Ellison Institute. «GPAS è un elemento chiave nell'infrastruttura globale dei dati per avere un sistema di sorveglianza e allarme rapido, a livello mondiale»