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Un intero universo come campo di battaglia!
Il gioco si suddivide principalmente in due fasi: una di gestione e una di guerra tattica. All'inizio della partita ci verrà chiesto quale fazione vorremo impersonare, se l'Impero o i Ribelli, scelta che si tramuterà nell'adozione di due differenti story line e della disponibilità di differenti unità di attacco e difesa, anche se generalmente la metodologia di gioco non cambia.
Partiremo dal controllo di alcuni pianeti, qualche unità, un paio di eroi e un'esigua quantità di denaro. I crediti galattici serviranno per produrre unità o costruire strutture.
I pianeti che non ci appartengono saranno controllati dalla fazione nemica o da pirati spaziali, tuttavia, da subito non conosceremo chi è insediato su tutti i pianeti, ma li scopriremo a mano a mano che avanzeremo nella storia e nelle missioni.
Le varie missioni ci chiederanno di conquistare altri pianeti o di catturare navicelle nemiche o di scortare qualcuno su un pianeta lontano. Tuttavia, dovrete tenere sempre in mente che più pianeti conquisterete, maggiori possibilità avrete di portare a termine le missioni, dato che ogni i pianeta è fonte di reddito.
La sessioni di gestione strategica è sempre seguita da combattimenti tattici che, a loro volta, si suddividono su due background differenti. Se ci ricordiamo gli episodi della doppia trilogia, oltre ai combattimenti sulla superficie dei pianeti non mancano di certo i combattimenti spaziali, e "L'impero in Guerra" non scampa a questa regola.
Ogni qualvolta ci spostiamo su un pianeta nemico dovremo affrontare una prima guerra nello spazio, comandando squadriglie di X-Wing e A-Wing o Tie-Fighert e Tie Bomber, assieme a tutte le svariate forze di attacco delle due fazioni, e solo dopo aver vinto questo scontro, potremo atterrare sul pianeta e prepararci ad affrontare la battaglia terrestre.
Sulla superficie del pianeta gli scontri sono più articolati, dato che sarà possibile costruire edifici di supporto e chiamare i rinforzi ma, anche in questo caso, i requisiti della vittoria sono nella maggioranza dei casi la distruzione completa del nemico, ogni tanto assieme ad altre missioni subordinate.