Da un tesoro all'altro
Spesso è necessario prendere annotazioni sulla mappa per risolvere gli enigmi.
Dopo le prime avventure sull'isola iniziale, Link trova un passaggio sulla nave del pirata Linebeck, con il quale va alla scoperta dei misteri dell'arcipelago che fa da scenario all'intero gioco. Questo è suddiviso in quattro quadranti, che si scoprono progressivamente.
La navigazione è semplicissima: ancora una volta basta tracciare la rotta con lo stilo e il gioco è fatto. Durante la rotta bisogna però stare attenti, perché ci possono essere in agguato trappole da saltare - ebbene sì, la nave salta!! - oppure vascelli nemici e mostri marini da scacciare a forza di cannonate.
Il mare offre ovviamente altre risorse. A parte le isole su cui si svolge la maggior parte delle avventure di Link, il fondo dell'oceano è cosparso di tesori. Per recuperarne uno basta sapere dove si trova, previo reperimento di una mappa del tesoro - ce ne sono a decine. Non mancano i pesci e il classico minigioco di pesca. Infine ci sono alcune isolette segrete, non mostrate dalle mappe, nelle quali ti aspettano altri mini giochi e tesori nascosti.